Para saber qual a melhor opção para a sua empresa, é preciso entender qual a diferença entre essas soluções. 

Para utilizar um emissor de NF gratuito você precisa se cadastrar no site de uma  instituição a sua escolha. Para essa modalidade gratuita, as principais vantagens da ferramenta seriam:
 . Zero custo com mensalidade;
. Emissão de NFe (Nota fiscal eletrônica) e CTe (Conhecimento de Transporte eletrônico);
. Emissão de nota de contingência; 
. Disponibilidade para qualquer contribuinte credenciado do país. 
 
Inicialmente o emissor de NFe gratuito pode ser uma boa opção, porém, a opção não apresenta 100% de segurança, tem funcionalidades reduzidas e obriga o empreendedor a recorrer a outras fontes para suprir tudo o que precisa. 
Quando se trabalha com um emissor de NFe pago a empresa conta com sistemas completos e automáticos com emissores instalados (desktop) ou online (nuvem), que atendam às suas necessidades. Além de ter em uma única plataforma, controle de fluxo de caixa, controle financeiro, PDV, estoque, emissão de pedidos, entrada em notas recebidas e gerar documentos como CTe, MDFe e NFCe. 
 
Neste caso as vantagens de um emissor de nota fiscal pago seriam:
. Emissão de NFe, CTe, MDFe e NFCe;
. Facilidade de preenchimento de documentos fiscais;
. Cálculo automático de impostos;
. Redução de erros de digitação e emissão;
. Geração de arquivos XML;
. Envio automático para o e-mail do cliente;
. Relatórios mensais;
. Treinamento e suporte técnico;
. Integração entre setores;
. Maior controle dos processos. 
 
A escolha de um emissor de nota fiscal eletrônica vai depender das necessidades da empresa. Se você emite poucas notas e ainda possui um volume de operação pequeno, certamente um emissor gratuito vai atendê-lo.
 
Mas, se você gera muitas notas e/ou outros documentos fiscais como MDFe e CTe, e tem um volume operacional maior, precisará de um emissor pago.